Sua oposição ferrenha ao Cristianismo rendeu-lhes através dos tempos uma figura de fanáticos e hipócritas que apenas manipulam as leis para seu interesse. Esse comportamento deu origem à ofensa "fariseu", comumente dado às pessoas dentro e fora do Cristianismo, que são julgados como religiosos aparentes.
O cristianismo perpretou através da história uma visão estereotipada dos fariseus junto aos escribas e saduceus, como os adversários de Jesus, que ataca duramento seu orgulho, sua avareza, sua hipocrisia e, sobretudo, o perigo de crer que a salvação vem da lei.
No entanto os fariseus eram uma seita de grande influência em Israel devido ao ensino religioso e político. Aceitavam a Torá escrita e as tradições da Torá oral, na unicidade do Criador, na ressurreição dos mortos, em anjos e demônios, no julgamento futuro e na vinda do rei Messias. Eram os principais mestres nas sinagogas, o que os favoreceu como elemento de influência dentro do judaísmo após a destruição do Templo. São precursores por suas filosofias e idéias do judaísmo rabínico.